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Filtrar una vista con los códigos de un ValueSet

Source: R/terminologia.R
vista_con_valueset.Rd

Agrega a un ViewDefinition una condición FHIRPath con los códigos de una expansión (de tx_expandir() o hecha a mano), para que la vista quede autocontenida: vista_ejecutar() y vista_ejecutar_duckdb() la aplican sin consultar el servidor de terminología. Así un indicador definido con un ValueSet (por ejemplo, "todas las personas con diagnóstico de diabetes") se expande una vez y se calcula sobre millones de recursos sin red.

Usage

vista_con_valueset(
  vista,
  expansion,
  ruta = "code.coding",
  nombre = "vs",
  columna = NULL
)

Arguments

vista

Un ViewDefinition en cualquier forma que acepte vista_leer().

expansion

Un data.frame con las columnas system y code, como el que devuelve tx_expandir().

ruta

Expresión FHIRPath, desde el recurso, que lleva a los Coding que se comparan: "code.coding" (por defecto, para Condition, Observation o Procedure), "valueCodeableConcept.coding", "medication.ofType(CodeableConcept).coding", "class", etc.

nombre

Prefijo de las constantes que se agregan a la vista. Debe ser un nombre válido de FHIRPath.

columna

Si es NULL (por defecto), la condición se agrega como where y la vista solo devuelve los recursos con algún código del ValueSet. Si es un texto, en vez de filtrar se agrega una columna lógica con ese nombre que indica si el recurso tiene algún código del ValueSet; sirve para marcar varios grupos en una misma vista.

Value

La vista modificada, de clase fhir_vista.

Details

Cada sistema de codificación y su lista de códigos se guardan como constantes de la vista (%{nombre}_sistema y %{nombre}_codigos, o _sistema_1, _codigos_1... si hay varios sistemas); la lista es un texto con los códigos separados por |. La condición queda, por ejemplo:

code.coding.where(system = %vs_sistema and %vs_codigos.contains('|' & code & '|')).exists()

Esta forma (y no una cadena de or) mantiene la expresión corta aunque el ValueSet tenga miles de códigos, y el motor DuckDB la traduce a una sola búsqueda de texto. La vista guarda en su JSON la lista exacta que se usó, lo que también documenta el indicador.

See also

tx_expandir().

Examples

# Expansión hecha a mano (normalmente sale de tx_expandir())
diabetes <- data.frame(
  system = "http://hl7.org/fhir/sid/icd-10",
  code = c("E10", "E11", "E13", "E14")
)
vista <- vista_crear("Condition", c(
  paciente = "subject.getReferenceKey(Patient)",
  codigo = "code.coding.first().code"
))
vista <- vista_con_valueset(vista, diabetes, nombre = "diabetes")
vista$where
#> [[1]]
#> [[1]]$path
#> [1] "code.coding.where(system = %diabetes_sistema and %diabetes_codigos.contains('|' & code & '|')).exists()"
#> 
#> 

condiciones <- fhir_recursos(list(
  list(resourceType = "Condition", id = "c1",
       subject = list(reference = "Patient/p1"),
       code = list(coding = list(list(
         system = "http://hl7.org/fhir/sid/icd-10", code = "E11")))),
  list(resourceType = "Condition", id = "c2",
       subject = list(reference = "Patient/p2"),
       code = list(coding = list(list(
         system = "http://hl7.org/fhir/sid/icd-10", code = "I10"))))
))
vista_ejecutar(condiciones, vista)
#>   id paciente codigo
#> 1 c1       p1    E11

# Con un servidor de terminología
tx <- fhir_conectar("https://tx.fhir.org/r4", panel = FALSE)
sexo <- tx_expandir(tx, "http://hl7.org/fhir/ValueSet/administrative-gender")
sexo
#>                                      system    code display
#> 1 http://hl7.org/fhir/administrative-gender    male    Male
#> 2 http://hl7.org/fhir/administrative-gender  female  Female
#> 3 http://hl7.org/fhir/administrative-gender   other   Other
#> 4 http://hl7.org/fhir/administrative-gender unknown Unknown