Ejecutar un ViewDefinition

Aplica un ViewDefinition de SQL on FHIR a un conjunto de recursos y devuelve la tabla resultante.

Usage

vista_ejecutar(recursos, vista, validar = TRUE)

Arguments

recursos

Recursos FHIR en cualquier forma que acepte fhir_recursos(). Solo se usan los del tipo indicado en resource.

vista

Un ViewDefinition en cualquier forma que acepte vista_leer().

validar

Si es TRUE (por defecto), valida la vista antes de ejecutarla con vista_validar().

Value

Un data.frame con una columna por cada column de la vista, en el orden que define la especificación. Los tipos de R siguen el type de cada columna cuando se indica (boolean a lógico; integer, positiveInt y unsignedInt a entero; decimal a numérico; el resto a texto); si algún valor no es compatible (por ejemplo 1.7 en una columna integer) se avisa y se conserva sin convertir. Sin type, el tipo sale de los valores; si la columna no tiene ninguno, se deduce del modelo de FHIR R4 (por ejemplo birthDate es texto y active, lógico), para que la misma vista dé siempre los mismos tipos. Las fechas quedan como texto ISO 8601 porque FHIR admite fechas parciales ("2024", "2024-05"). Las columnas con collection: true son listas.

Details

Se admiten todos los elementos de la especificación: select anidados, column (con collection y type), forEach, forEachOrNull, repeat, unionAll, where, constant y la variable %rowIndex, además de las funciones getResourceKey() y getReferenceKey().

El motor evalúa cada expresión sobre todos los recursos a la vez (una llamada a FHIRPath por expresión y nivel), así que el tiempo crece poco con el número de recursos.

See also

vista_crear() y vista_leer() para definir la vista y vista_fhirpath() para probar expresiones.

Examples

pacientes <- list(
  list(resourceType = "Patient", id = "p1", gender = "female",
       birthDate = "1985-03-12",
       name = list(list(use = "official", family = "Paredes Cevallos",
                        given = list("Ana", "Luc\u00eda"))),
       address = list(list(city = "Loja", district = "Loja"))),
  list(resourceType = "Patient", id = "p2", gender = "male",
       birthDate = "2001-11-30",
       name = list(list(family = "Salazar Moreno", given = list("Jorge"))))
)

vista <- vista_crear(
  "Patient",
  c(sexo = "gender", nacimiento = "birthDate",
    apellido = "name.first().family", ciudad = "address.first().city")
)
vista_ejecutar(pacientes, vista)
#>   id   sexo nacimiento         apellido ciudad
#> 1 p1 female 1985-03-12 Paredes Cevallos   Loja
#> 2 p2   male 2001-11-30   Salazar Moreno   <NA>

# Una fila por cada nombre, desde JSON
vista_ejecutar(pacientes, '{
  "resource": "Patient",
  "select": [
    {"column": [{"name": "id", "path": "getResourceKey()"}]},
    {"forEach": "name", "column": [
      {"name": "orden", "path": "%rowIndex"},
      {"name": "apellido", "path": "family"},
      {"name": "nombres", "path": "given", "collection": true}
    ]}
  ]
}')
#>   id orden         apellido    nombres
#> 1 p1     0 Paredes Cevallos Ana, Lucía
#> 2 p2     0   Salazar Moreno      Jorge