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Expandir un ValueSet en un servidor de terminología ($expand)

Source: R/terminologia.R
tx_expandir.Rd

Pide a un servidor de terminología FHIR (por ejemplo https://tx.fhir.org/r4, un Snowstorm o un HAPI con terminologías cargadas) la lista de códigos de un ValueSet con la operación ValueSet/$expand. Las expansiones grandes se descargan por páginas (parámetros offset y count), así que sirve para conjuntos de miles de códigos, como todos los diagnósticos de diabetes de la CIE-10 o de SNOMED CT.

Usage

tx_expandir(
  con,
  valueset,
  filtro = NULL,
  max = Inf,
  tamano_pagina = 1000L,
  parametros = list()
)

Arguments

con

Conexión al servidor de terminología creada con fhir_conectar().

valueset

El ValueSet: su URL canónica (con versión opcional, "http://.../ValueSet/x|2.0"), o el recurso completo como lista de R, texto JSON o ruta a un archivo JSON (útil para un ValueSet propio que no está publicado en el servidor; por ejemplo, uno con compose.include y un filtro is-a de SNOMED CT).

filtro

Texto opcional para filtrar los códigos por su nombre (parámetro filter; cada servidor decide cómo lo aplica).

max

Número máximo de códigos que se descargan.

tamano_pagina

Códigos que se piden en cada petición.

parametros

Lista con nombre de otros parámetros de $expand, por ejemplo list(displayLanguage = "es", activeOnly = TRUE).

Value

Un data.frame con una fila por código y las columnas system, code, display y, si el servidor la informa, version. Las jerarquías (contains anidados) se aplanan y se omiten los códigos abstractos (abstract = true), que no se usan para codificar. Los atributos valueset (URL), total (total que informa el servidor) y expansion (datos de la expansión sin los códigos) documentan de dónde salió la lista. Se puede pasar a vista_con_valueset().

Details

Las funciones de terminología llevan el prefijo tx_ (abreviatura de terminology que usa la comunidad FHIR, como en tx.fhir.org) para distinguirlas de las que trabajan con recursos clínicos (fhir_*) y con vistas (vista_*). Usan la misma conexión de fhir_conectar(), con su token o su autenticación SMART on FHIR, y los mismos errores con el OperationOutcome del servidor.

See also

tx_buscar_codigo(), tx_validar_codigo(), vista_con_valueset().

Examples

tx <- fhir_conectar("https://tx.fhir.org/r4", panel = FALSE)

# Un ValueSet publicado, por su URL canónica
sexo <- tx_expandir(tx, "http://hl7.org/fhir/ValueSet/administrative-gender")
sexo
#>                                      system    code display
#> 1 http://hl7.org/fhir/administrative-gender    male    Male
#> 2 http://hl7.org/fhir/administrative-gender  female  Female
#> 3 http://hl7.org/fhir/administrative-gender   other   Other
#> 4 http://hl7.org/fhir/administrative-gender unknown Unknown

# Un ValueSet propio: los descendientes de "diabetes mellitus" en SNOMED CT
diabetes <- tx_expandir(tx, list(
  resourceType = "ValueSet",
  compose = list(include = list(list(
    system = "http://snomed.info/sct",
    filter = list(list(property = "concept", op = "is-a",
                       value = "73211009"))
  )))
), max = 200)
head(diabetes)
#>                   system     code
#> 1 http://snomed.info/sct 73211009
#> 2 http://snomed.info/sct  2751001
#> 3 http://snomed.info/sct  4783006
#> 4 http://snomed.info/sct  5368009
#> 5 http://snomed.info/sct  5969009
#> 6 http://snomed.info/sct  8801005
#>                                                                   display
#> 1                                                       Diabetes mellitus
#> 2                                      Fibrocalculous pancreatic diabetes
#> 3 Maternal diabetes mellitus with hypoglycemia affecting fetus OR newborn
#> 4                                          Drug-induced diabetes mellitus
#> 5                      Diabetes mellitus associated with genetic syndrome
#> 6                                             Secondary diabetes mellitus