Traducir un ViewDefinition a SQL de DuckDB (experimental)

Experimental, como vista_ejecutar_duckdb(). Traduce un ViewDefinition a una consulta SQL de DuckDB que lee los recursos FHIR como JSON y devuelve la tabla de la vista. Es el motor que usa vista_ejecutar_duckdb(); esta función solo genera el texto, para revisarlo o ejecutarlo en otra herramienta (por ejemplo la línea de comandos de DuckDB).

Usage

vista_sql(vista, desde = "recursos")

Arguments

vista

Un ViewDefinition en cualquier forma que acepte vista_leer().

desde

Origen de los recursos: rutas de archivos NDJSON (también comprimidos con gzip) o Parquet, o el nombre de una tabla o vista de DuckDB con una columna json (un recurso FHIR por fila).

Value

El texto de la consulta (clase fhir_sql).

Details

El traductor cubre la estructura completa del ViewDefinition (select anidados, column, forEach, forEachOrNull, repeat, unionAll, where, constant y %rowIndex) y buena parte de FHIRPath: navegación por campos (los elementos de elección como value o effective buscan sus variantes valueQuantity, valueString...), índices (name[0]), where(), select(), exists(), empty(), all(), allTrue() y afines, count(), first(), last(), tail(), skip(), take(), single(), distinct(), isDistinct(), union()/|, combine(), intersect(), exclude(), subsetOf(), supersetOf(), in, contains, not(), iif(), trace(), is, as, ofType(), extension(url), getResourceKey(), getReferenceKey(), funciones de texto (join(), startsWith(), endsWith(), contains(), indexOf(), substring(), upper(), lower(), trim(), length(), replace(), matches(), replaceMatches(), split(), toChars()), conversiones (toString(), toInteger(), toDecimal(), toBoolean() y sus convertsTo...()), aritmética, abs(), ceiling(), floor(), round(), truncate(), sqrt(), power() exacta, comparaciones de fechas y horas con su precisión y lowBoundary()/highBoundary() de fechas y horas.

La traducción reproduce el resultado de fhirpath.js (vista_ejecutar()). Si una expresión usa algo que no se puede traducir con certeza, se produce un error de clase fhirviews_error_sql que sugiere usar vista_ejecutar(); lo que solo se puede decidir con los datos (por ejemplo, comparar una fecha sin hora con una fecha y hora, que depende de la zona horaria del equipo, o textos con caracteres que DuckDB y JavaScript pasan a mayúsculas de forma distinta) da un error al ejecutar la consulta, nunca un resultado distinto.

Los elementos repeat se traducen hasta una profundidad fija (por defecto 12 niveles; la opción fhirviews.sql_profundidad la cambia); si los datos tienen más niveles, la consulta produce un error en lugar de omitir filas.

Los tipos de las columnas salen del type de cada columna, del tipo de la expresión o, si no, del modelo FHIR R4. Las columnas cuyo tipo no se puede deducir quedan como JSON; vista_ejecutar_duckdb() las convierte después según los valores.

See also

vista_ejecutar_duckdb() para ejecutarla.

Examples

vista <- vista_crear("Patient", c(sexo = "gender",
                                  apellido = "name.first().family"))
vista_sql(vista, "pacientes.ndjson")
#> SELECT f."id" AS "id", f."sexo" AS "sexo", f."apellido" AS "apellido"
#> FROM (
#>   SELECT unnest([{'id': json_extract_string(r, '$.id'), 'sexo': json_extract_string(list_extract(list_transform([flatten(list_transform([json_extract(r, '$."gender"')], lambda z1: CASE WHEN z1 IS NULL OR CAST(z1 AS VARCHAR) = 'null' THEN []::JSON[] WHEN starts_with(CAST(z1 AS VARCHAR), '[') THEN list_filter(CAST(z1 AS JSON[]), lambda z2: z2 IS NOT NULL AND CAST(z2 AS VARCHAR) <> 'null') ELSE [z1] END))], lambda z3: CASE WHEN len(z3) > 1 THEN error('La columna sexo devolvió varios valores para una fila; usa collection: true o first()') ELSE z3[1] END), 1), '$'), 'apellido': json_extract_string(list_extract(list_transform([flatten(list_transform([json_extract(list_extract(flatten(list_transform([json_extract(r, '$."name"')], lambda z4: CASE WHEN z4 IS NULL OR CAST(z4 AS VARCHAR) = 'null' THEN []::JSON[] WHEN starts_with(CAST(z4 AS VARCHAR), '[') THEN list_filter(CAST(z4 AS JSON[]), lambda z5: z5 IS NOT NULL AND CAST(z5 AS VARCHAR) <> 'null') ELSE [z4] END)), 1), '$."family"')], lambda z6: CASE WHEN z6 IS NULL OR CAST(z6 AS VARCHAR) = 'null' THEN []::JSON[] WHEN starts_with(CAST(z6 AS VARCHAR), '[') THEN list_filter(CAST(z6 AS JSON[]), lambda z7: z7 IS NOT NULL AND CAST(z7 AS VARCHAR) <> 'null') ELSE [z6] END))], lambda z8: CASE WHEN len(z8) > 1 THEN error('La columna apellido devolvió varios valores para una fila; usa collection: true o first()') ELSE z8[1] END), 1), '$')}]) AS f
#>   FROM (SELECT json AS r FROM read_json_objects(['pacientes.ndjson'], format = 'newline_delimited'))
#>   WHERE json_extract_string(r, '$.resourceType') = 'Patient'
#> )