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Guardar vistas en DuckDB

Source: R/duckdb.R
vista_duckdb.Rd

Ejecuta uno o varios ViewDefinition con vista_ejecutar() y guarda cada resultado como una tabla en una base DuckDB, para consultarlas y unirlas con SQL. Es la idea original de SQL on FHIR: vistas tabulares de los recursos FHIR listas para cualquier motor SQL.

Usage

vista_duckdb(recursos, vistas, con_db = NULL, sobrescribir = TRUE)

Arguments

recursos

Recursos FHIR en cualquier forma que acepte fhir_recursos().

vistas

Un ViewDefinition (en cualquier forma que acepte vista_leer()) o una lista de ellos. Las tablas se llaman como el nombre de cada elemento de la lista o, si no lo tiene, como el elemento name de la vista.

con_db

Conexión DBI donde guardar las tablas. Si es NULL (por defecto), se crea una base DuckDB en memoria.

sobrescribir

Si es TRUE (por defecto), reemplaza las tablas que ya existan; si es FALSE, agrega las filas al final.

Value

La conexión DBI, de forma invisible, para seguir consultándola con DBI::dbGetQuery(). Cierra con DBI::dbDisconnect(con_db) al terminar.

Details

Las columnas con collection: true se guardan como listas de DuckDB (por ejemplo VARCHAR[]), que se pueden consultar con unnest() o len(). Los elementos complejos (objetos FHIR) se guardan como texto JSON. Las fechas quedan como texto ISO 8601; para convertirlas usa CAST(columna AS DATE) en la consulta cuando sean fechas completas.

Requiere los paquetes DBI y duckdb. Funciona también con otra conexión DBI (SQLite, PostgreSQL...) siempre que admita los tipos de las columnas.

Examples

pacientes <- list(
  list(resourceType = "Patient", id = "p1", gender = "female",
       birthDate = "1985-03-12",
       name = list(list(family = "Paredes Cevallos",
                        given = list("Ana", "Luc\u00eda")))),
  list(resourceType = "Patient", id = "p2", gender = "male",
       birthDate = "2001-11-30",
       name = list(list(family = "Salazar Moreno", given = list("Jorge"))))
)
observaciones <- list(
  list(resourceType = "Observation", id = "o1", status = "final",
       code = list(text = "Glucosa"), subject = list(reference = "Patient/p1"),
       valueQuantity = list(value = 98, unit = "mg/dL")),
  list(resourceType = "Observation", id = "o2", status = "final",
       code = list(text = "Glucosa"), subject = list(reference = "Patient/p2"),
       valueQuantity = list(value = 131, unit = "mg/dL"))
)

db <- vista_duckdb(
  c(fhir_recursos(pacientes), observaciones),
  list(
    paciente = vista_crear("Patient", c(sexo = "gender",
                                         nombres = "name.given.join(' ')")),
    glucosa = vista_crear("Observation", c(
      paciente = "subject.getReferenceKey(Patient)",
      valor = "value.ofType(Quantity).value"))
  )
)
DBI::dbGetQuery(db, "
  SELECT p.nombres, p.sexo, g.valor
  FROM glucosa g JOIN paciente p ON g.paciente = p.id
  ORDER BY g.valor DESC")
#>     nombres   sexo valor
#> 1     Jorge   male   131
#> 2 Ana Lucía female    98
DBI::dbDisconnect(db)