Exportación masiva de datos (FHIR Bulk Data, $export)

Pide al servidor una exportación masiva según la especificación FHIR Bulk Data Access: el servidor prepara archivos NDJSON (un recurso por línea) en segundo plano y, al terminar, fhir_exportar() los descarga a una carpeta local. Es la forma adecuada de reunir datos de toda una población (vigilancia epidemiológica, indicadores), y el NDJSON es justo el formato que vista_ejecutar() procesa más rápido.

Usage

fhir_exportar(
  con,
  nivel = c("sistema", "paciente", "grupo"),
  grupo = NULL,
  tipos = NULL,
  desde = NULL,
  filtros = NULL,
  carpeta = tempfile("fhir_export_"),
  esperar = TRUE,
  intervalo = NULL,
  max_espera = 3600,
  progreso = interactive()
)

fhir_exportar_estado(
  x,
  esperar = FALSE,
  descargar = TRUE,
  intervalo = NULL,
  max_espera = 3600,
  progreso = interactive()
)

fhir_exportar_cancelar(x)

Arguments

con: Conexión creada con fhir_conectar().
nivel: Qué exportar: "sistema" (todos los datos del servidor, [base]/$export), "paciente" (todos los pacientes y sus datos, Patient/$export) o "grupo" (los pacientes de un Group, Group/[id]/$export). Si se da grupo, por defecto es "grupo".
grupo: Id del recurso Group, para nivel = "grupo".
tipos: Vector de tipos de recurso a exportar (parámetro _type), por ejemplo c("Patient", "Condition"). Por defecto, todos.
desde: Exportar solo los recursos modificados desde ese momento (parámetro _since): un Date, un POSIXct o un texto en formato FHIR instant ("2025-01-01T00:00:00Z").
filtros: Vector de filtros de búsqueda por tipo (parámetro _typeFilter), por ejemplo "Condition?code=http://hl7.org/fhir/sid/icd-10|A90".
carpeta: Carpeta donde se guardan los archivos NDJSON. Se crea si no existe.
esperar: Si es TRUE (por defecto), espera a que el servidor termine y descarga los archivos. Si es FALSE, devuelve la exportación en curso.
intervalo: Segundos entre consultas de estado. Por defecto se usa Retry-After; si se da, nunca se consulta antes de lo que pide el servidor.
max_espera: Segundos máximos de espera. Si se agotan, se avisa y se devuelve la exportación en curso, que se puede seguir consultando con fhir_exportar_estado().
progreso: Si es TRUE, muestra el avance (por defecto, en sesiones interactivas).
x: Exportación devuelta por fhir_exportar() o por fhir_exportar_estado().
descargar: Si es TRUE (por defecto), descarga los archivos cuando la exportación está lista.

Value

Un objeto de clase fhir_exportacion, una lista con:

estado: "en_curso", "completada" o "cancelada";
archivos: lista con nombre por tipo de recurso, con las rutas de los archivos descargados (se pasan tal cual a fhir_recursos() o vista_ejecutar());
errores: rutas de los archivos de OperationOutcome con los problemas que el servidor informó durante la exportación;
manifiesto: el manifiesto del servidor como lista de R;
url_estado, carpeta, nivel y progreso (último X-Progress).

Details

El proceso tiene tres pasos:

Inicio: GET [base]/$export (o Patient/$export, o Group/[id]/$export) con Prefer: respond-async. El servidor responde 202 Accepted y una dirección de estado en Content-Location.
Espera: se consulta la dirección de estado; mientras responde 202 se espera lo que indica Retry-After (o, si no lo indica, cada vez más tiempo, hasta un minuto) y se muestra el avance de X-Progress. Cuando responde 200, el cuerpo es el manifiesto con la lista de archivos.
Descarga: cada archivo del manifiesto se guarda en carpeta. Si el manifiesto indica requiresAccessToken, se envía el token de la conexión, pero solo a archivos del mismo servidor.

Con esperar = FALSE, fhir_exportar() devuelve la exportación en curso justo después del inicio; luego se consulta con fhir_exportar_estado() (que la descarga cuando está lista) o se cancela con fhir_exportar_cancelar() (DELETE a la dirección de estado).

fhir_exportar_estado() consulta el estado una vez (o, con esperar = TRUE, hasta que termine) y devuelve la exportación actualizada: hay que guardarla de nuevo, trabajo <- fhir_exportar_estado(trabajo).

fhir_exportar_cancelar() envía DELETE a la dirección de estado; el servidor deja de preparar los archivos (o borra los ya preparados). Devuelve, de forma invisible, la exportación con estado = "cancelada".

Examples

if (FALSE) { # interactive() && fhir_disponible("https://bulk-data.smarthealthit.org/fhir")
# Servidor de referencia de SMART (datos sintéticos, sin autenticación)
con <- fhir_conectar("https://bulk-data.smarthealthit.org/fhir")
exp <- fhir_exportar(con, "paciente", tipos = c("Patient", "Condition"))
exp
pacientes <- vista_ejecutar(exp$archivos$Patient,
                            vista_crear("Patient", c(sexo = "gender")))
table(pacientes$sexo)

# Sin esperar: consultar más tarde o cancelar
trabajo <- fhir_exportar(con, "sistema", esperar = FALSE)
trabajo <- fhir_exportar_estado(trabajo)
fhir_exportar_cancelar(trabajo)
}

Exportación masiva de datos (FHIR Bulk Data, `$export`)

Usage

Arguments

Value

Details

See also

Examples